В соответствии с пунктом 31 статьи 1 Федерального закона от 29.12.2020 года № 466-ФЗ "О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов", юрисдикция Калининградского гарнизонного военного суда распространяется на воинские части, учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, другие войска, воинские формирования и органы, дислоцируемые - на территориях городов Калининграда и Советска, Гусевского, Краснознаменского, Неманского, Нестеровского, Озерского, Полесского, Славского и Черняховского административных районов Калининградской области.